日曜日, 11月 12, 2006

バイオインフォマティクステスト3

次にESearchのテストを行ってみます。
ESearchテスト(pubmedDBをcancerで検索)
XML形式で表示されたデータのIdタグで囲まれているIDを
他のEFetchやELink、ESummaryといった機能で検索できます。
EInfoと同じようにURLと検索のためのパラメータを指定します。

EFetchを使用する場合はURLにわたす検索パラメータにretmode=xmlの指定を行わないとXML形式で表示されないようです。
EFetchでテスト(ID:17096453で検索)

ELinkでテスト(ID:17096453で検索)

ESummaryでテスト(ID:17096453で検索)

バイオインフォマティクステスト2

その他の一覧表示されたDBの詳細表示です。
protein DB詳細(新しいウィンドウ)
nucleotide DB詳細(新しいウィンドウ)
structure DB詳細(新しいウィンドウ)
genome DB詳細(新しいウィンドウ)
books DB詳細(新しいウィンドウ)
cancerchromosomes DB詳細(新しいウィンドウ)
cdd DB詳細(新しいウィンドウ)
domains DB詳細(新しいウィンドウ)
gene DB詳細(新しいウィンドウ)
genomeprj DB詳細(新しいウィンドウ)
gensat DB詳細(新しいウィンドウ)
geo DB詳細(新しいウィンドウ)
gds DB詳細(新しいウィンドウ)
homologene DB詳細(新しいウィンドウ)
journals DB詳細(新しいウィンドウ)
mesh DB詳細(新しいウィンドウ)
ncbisearch DB詳細(新しいウィンドウ)
nlmcatalog DB詳細(新しいウィンドウ)
omim DB詳細(新しいウィンドウ)
pmc DB詳細(新しいウィンドウ)
popset DB詳細(新しいウィンドウ)
probe DB詳細(新しいウィンドウ)
pcassay DB詳細(新しいウィンドウ)
pccompound DB詳細(新しいウィンドウ)
pcsubstance DB詳細(新しいウィンドウ)
snp DB詳細(新しいウィンドウ)
taxonomy DB詳細(新しいウィンドウ)
unigene DB詳細(新しいウィンドウ)
unists DB詳細(新しいウィンドウ)

土曜日, 11月 11, 2006

バイオインフォマティクステスト

バイオインフォマティクスという言葉がでてきたので、バイオインフォマティクスを少し試してみます。
NCBIというアメリカの研究機関の公開しているDB(データベース)にアクセスしてみます。

URL(http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/einfo.fcgi?)を指定すると使用できるDB一覧を表示します。DB一覧はXMLというデータ形式として表示されます。
使用できるDB一覧を表示します
使用できるDB一覧を表示します(新しいウィンドウ)

上記URLから取得したXMLデータでDbNameに囲まれたDB名からpubmedを選んで、その詳細について表示します。URL(http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/einfo.fcgi?db=pubmed)を指定します。
pubmedというDBの詳細について表示します
pubmedというDBの詳細について表示します(新しいウィンドウ)

上記に事柄については以下HPを参考にしました。
BONNOH FRACTION

土曜日, 11月 04, 2006

アマゾンサーチボックステスト

アマゾンサーチボックスを貼り付けてみます。 自分用になりそうな気がします。

アマゾンアフィリエイトテスト

アマゾンアフィリエイトを試してみます。
生物学的なことをコンピュータ上で研究するバイオインフォマティクスというものに興味をもったときに最初に読んだ本です。
まず遺伝子・DNAについて知ろうと読んだ本です。